首先是鱼缸过滤层的清洗：
第一层过滤棉第二层生化棉第三层玻璃环（陶瓷环、生物石等）第四层活性炭（吸氨石、麦饭石等）因过滤桶密封性及安装相对复杂，且为了保护硝化细菌系统，不宜经常清洗，因此，选择的过滤材料要价格贵些比较高极的材料。第一层是属于物理过滤，主要是将水中的固体残渣阻挡住，所以特别容易脏，清洗也是以这一层为主，其他几层通常很少清洗，常洗反而容易失去硝化菌。清洗是利用给鱼缸换水之机，取出滤棉，在抽出的鱼缸水中反复漂洗，也可利用抽水管对滤棉反冲（当然冲力十分有限）洗。清洗时，一是要注意切不可搓洗，也不必要求洗得过分干净，更不可直接用自来水洗，否则附着在滤棉上的硝化细菌会被您彻底消灭，以至失去生物过滤的作用。
其次是空气过滤棉的清洗：
空气过滤棉一般分为初效、中效、耐高温、活性炭过滤棉、还有海绵等，一般可以清洗的只有初效、中效和海绵，而且初效和中效过滤棉必须是在有添加胶水的情况下才可以清洗，其他情况下也是不可以随意冲洗的，海绵因为本身材质的特性，它可以经常清洗，所以一般很多空调厂都喜欢用它做过滤材料。活性炭过滤棉和耐高温过滤棉因为材质的特殊性，是不可以清洗的，一旦清洗将会失去原有的过滤作用，里面的过滤介质也会被冲洗掉。
我们知道了哪些能清洗，哪些不能清洗，那怎么清洗呢？
我们拿初效过滤棉举例子：拆下过滤棉后，把它平铺于地面，用自来水管接水管，水力开到中等即可，切勿用压力水枪等冲击力大的器具来清洗，以免冲洗变形，然后对准过滤棉脏的位置，连续冲洗几分钟，待干净即可，再把过滤棉放到通风或者有阳光的地方，晾干后就又可以重复使用了，如果自己有烘干机的话，更方便，直接放入烘干机烘干即可。
