使用空气加压的完全水浸式的杀菌锅：
在使用空气加压完全浸没的水浸式杀菌锅中，所有的容器完全的被水浸没。水是加热介质，压缩空气是一种过压源。杀菌锅可以是卧式结构的也可以是立式结构的。在杀菌的过程中温度指示设备的感温头位于水下。目前有两种方式可以为完全水浸式杀菌锅提供足够的循环。
蒸汽加压完全水浸式杀菌锅：
蒸汽加压完全水浸式杀菌锅都有一些的自己独立的测量仪表。水通常是通过外部由水蒸汽直接喷入进行加热的，蒸汽也是通过杀菌锅顶部高出水面的地方引入进行蒸汽加压的。
水喷淋式水杀菌锅：
有些杀菌锅只用少量的水，这些水在杀菌过程中并没有完全的淹没容器，而是直接在容器上进行喷淋。其中一种类型是从杀菌锅的底部将水抽出，并且通过杀菌锅的顶部和中部的喷嘴将水重新灌入锅内对容器进行加热或者冷却。
选择原则：
1、可以从控制精度和热分布均匀性上进行选择，尤其是出口的产品，因为要求分布很均匀，所以应该选择电脑全自动杀菌锅。手动式的杀菌锅难度比较高，控温和控压都有人工来完成的，食品的外观很难掌握，破碎率比较高。
2、如果产品是易碎玻璃瓶的，因为升温和降温都要求是可控的，尽量不选择双层杀菌锅。
如果从节能这个角度考虑的话，可以选择双层杀菌锅，它的特点是上罐是热水罐，下罐是处理罐，上罐的热水重复使用，可以节约大量蒸汽。
3、若产量较小或者没有锅炉，就可以考虑使用电汽两用杀菌锅，它的原理是蒸汽由下罐电加热产生，上罐灭菌。
4、若产品的粘稠度很高，杀菌的过程中产品需要进行旋转操作，就应该选择选择旋转式杀菌锅。
