新型温室大棚在种植前，必须要进行灭菌消毒，因为温室大棚内温度、湿度较大，适宜病原生物繁殖和害虫越冬，经过两年以上生产后，病虫害的种类繁多，而且逐年加重。另外，土壤、植物本身的残枝落叶和大棚骨架是多种病虫害传播媒介和反正、越冬场所。因此，必须对大棚进行消毒。
温室大棚在消毒时一般在大棚下茬作物播种和定植前2~3天进行全部清理，出去残株落叶。室内消毒雨般采用硫磺熏烟法，密闭大棚数日后择晴天进行，每立方米空间是硫磺4克、锯木8克，于晚上7时，每隔2米距离堆放锯木，摊平后撒一层硫磺粉，导入少量酒精，逐个点燃，24小时后要防风排烟。此消毒效果好，成本很低，取材方便。
也可用百菌清等烟剂消毒，每隔7~10天烟熏1次，连续3次以上，效果显著。方法是清理田园后样密闭即可烟熏。可用45%百利烟剂或百菌清和腐霉剂混合烟剂对灰霉病为主的病害防效显著。烟熏剂的用药量为每立方米空间0.2~0.3克。每亩面积，30%腐霉利熏剂用量为300~500克，45%百菌清烟剂为200~250克，均匀放置后，分别点燃，随即密闭烟熏2~3小时。在夏季高温季节，可用高温闷棚法。将大棚全部封闭，利用太阳能和棚内高温进行室内消毒，密封暴晒15~20天，5~10厘米深土壤温度可达40~60度，土温能够达到50~70度。
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