1. 原料收集与预处理：收集和储存有机废弃物，如农业废弃物、畜禽粪便、农作物残渣等。对原料进行预处理，如粉碎、搅拌等，以提高发酵效果。
2. 发酵产气：将预处理后的有机废弃物投入发酵池或沼气池中，利用微生物的作用进行厌氧发酵，产生沼气。发酵过程中会产生甲烷和二氧化碳等气体，其中甲烷是主要的能源成分。
3. 沼气处理：对产生的沼气进行处理，去除其中的杂质和硫化氢等有害物质，以提高沼气的质量和稳定性。常见的处理方法包括除尘、除硫、除水等。
4. 沼气利用：将经过处理的沼气用作能源供应，可通过燃烧产生热能、照明、烹饪等，也可以通过发电机组转化为电能。沼气还可以用于燃料替代，减少对传统能源的依赖。
5. 副产品利用：沼气工程还可获得有机肥料、发酵液等副产品。有机肥料可用于农田施肥，提高土壤肥力；发酵液可用于生物肥料、生物农药等的制备。
沼气工程的优点包括可再生、清洁、低碳等，有利于减少温室气体排放、改善农村能源结构、促进农业可持续发展等。它在农村地区尤其重要，可以解决农村生活和农业生产中的能源问题，并促进农村经济的发展。