1、主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择,若产品要求温度很严格,尤其是出口产品,因为要求热分布很均匀,所以应尽量选择电脑全自动杀菌锅.电脑半自动杀菌锅温度控制、压力控制与电脑全自动相同,但是价格却是电脑全自动的1/3.一般要求可以选择电气半自动杀菌锅.手动杀菌锅杀菌难度高,控温和控压等都由人工完成,食品外观很难掌握,涨罐（袋）和破碎率高.
2、若产品是含气包装或者产品外观比较要求比较严格,则应选择电脑全自动或电脑半自动杀菌锅.3、若产品是玻璃瓶或马口铁,因为升温和降温速度都要求可以控制,所以尽量不应选择双层杀菌锅.
4、若从节约能源考虑,可选择双层杀菌锅,其特点是上罐是热水罐,下罐是处理罐,上罐的热水重复使用,可节约大量蒸汽,适合每天产量超过10吨的食品生产企业.
5、若产量较小或者没有锅炉,则可以考虑使用电汽两用杀菌锅,其原理是蒸汽由下罐电加热产生,上罐灭菌.
6、若产品粘稠度很高,杀菌过程中产品需要旋转,则应选择选择旋转式杀菌锅.
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